據介紹，“十三五”時期，南京將打造“綜合交通樞紐升級版”和“綜合運輸服務升級版”， 加快推進寧句線、寧和線一期、寧溧線、寧高線二期、寧天線南延等都市圈軌道建設，促進寧鎮揚一體化發展。推進1號線北延、2號線西延、3號線三期、5號線、6號線、7號線、9號線一期、10號線二期、4號線二期、11號線等城市軌道交通建設。同時，完善高速公路網絡布局，建成高淳至溧陽、高淳至宣城高速公路，完成寧合、寧馬高速公路改擴建工程。完善過江通道布局，力爭建成南京長江五橋和浦儀公路跨夾江通道，完成長江大橋維修改造。此外，還將推進長江南京以下12.5米深水航道實質性通達南京。

“十三五”期間，南京的國際運輸更加通達通暢，重要貿易國家和地區民航直達率達到80%，與國內、東北亞和東南亞主要城市形成“4小時航空交通圈”，與全球主要城市形成“12小時航空交通圈”。城際運輸更加豐富多選，2小時內通達長三角中心城市，1.5小時基本通達省內設區市，1小時通達南京都市圈各城市。