根據南京交通部門前期摸底，在長江南京段沿岸，共發現了27處非法碼頭從事各種水上生意。截至6月底，執法部門已經將這27處非法碼頭整治完畢。

在南京長江大勝關上游浦口七壩段，短短600米的岸邊，就集中了5處沒有建筑許可證的非法碼頭，有的從事煤炭、石子、水泥、粉煤灰等運輸，有的從事洗艙水轉載，裝備簡陋，不但存在安全隱患，還污染環境。10日上午，沿岸的非法碼頭已經全部拆除，岸邊干干凈凈。

此次整治采取關停并轉、回收補償、限期整改等多種方式，對于堅決不配合的碼頭，采取水上封航和陸路封鎖的方式，促使碼頭業主配合整治。截至6月30日，南京市沿江27處非法碼頭全部整治完畢，其中清理取締25處，回收補償1處，關停并限期整改1處，清拖作業躉船30艘，法院查封凍結1艘，整理平整場地65萬平方米，整合長江岸線資源約3.5千米，推進了岸線資源的有效利用和集約開發，同時也為防汛和抗洪搶險提供了場地。